這一大科是佛陀回答阿難尊者的疑惑。阿難尊者的疑惑有兩點：第一個就是在修學的處所當中，應該以什麼來當作對治的處所才是最好的處所。第二個，在對治煩惱過程當中，它的次第是如何。
佛陀這一段主要是回答修學的處所。它主要的觀念是說，使令我們生死輪迴的就是六根，而使令我們安樂妙常的也是六根。說是起惑造業的是它，但是返妄歸真的也是它。
那麼這一點，蕅益大師在註解當中有提出他的看法。他說本經的修學，就在我們的身心世界，所謂六根、六塵、六識當中，選擇六根當所觀境。它的理由是什麼呢？
因為六根基本上有強大的主導性：第一個，六根對外攀緣六塵。它也可以攀緣，也可以不攀緣，它有主導性。第二個，六根向內能夠啟動六識。它也可以啟動，也可以不啟動。所以，這個六根身為六塵、六識的中間，是一個最好修行的處所。
我講實在話，我們修行的功夫，好壞是一回事；你修行的處所選錯了，那你真的是日劫相倍。比方說，你同樣的功夫念佛持咒，但是如果你的處所選在六識——我們一般學唯識學，煩惱都是到了「識」的時候才對治，其實都太慢了，所以你就是事倍功半。你看那個煩惱火，我們可以試試看。你那個火剛開始燒的時候，你馬上撲滅，很容易撲滅，一小杯的水就把它撲滅了；這個火已經燒了好幾棵樹了，你就更難撲滅；要是燒得整個森林大火，你沒辦法撲滅的。
所以這個對治煩惱，為什麼要選擇圓通的本根？就是掌握先機嘛。到了六識再來對治煩惱，這個不是圓頓止觀，這叫做漸次止觀，時間慢、花的時間多、效果差。但是如果你能夠根據本經的方法，捨識用根，在六根的時候就守住了，你經常注意六根——見、聞、嗅、嘗、覺、知，那麼這個時候你的成佛速度會比別人快很多很多。同樣的用功，但是你的進步會比別人快很多。這個就是處所的選擇是很重要的。
到這個地方，佛陀已經把整個修學的處所定下來，也就是以六根當所觀境，整個圓頓止觀的所觀境。當然後面會講詳細，其實六根還很廣，你還要選擇。比方說耳根、意根，六根當中還要選擇。